同稱：「自體免疫疾病」、「自體免疫」。免疫系統的自我辨識功能發生問題，致使免疫系統針對自身的組織與器官產生異常免疫反應而引起疾病。 發生原因不明，可能與遺傳有關，也可能是某些感染性疾病所引起的併發症。 例子：紅斑性狼瘡、類風溼性關節炎等。
紅斑性狼瘡類風溼性關節炎橋本氏甲狀腺炎胰島素依賴性糖尿病風溼熱重症肌無力攀木蜥蜴同功器官南方猿人副甲狀腺操作變因鱗葉負回饋作用高血糖症大腸癌環境負荷量傳導性耳聾控制變因延滯股異域種化針狀葉細胞內液莖的表皮腸脂酶載物臺測微器硝化作用中耳多層鱗狀上皮組織分子證據種光受器