當分子中的原子由於電子的分佈不均勻而形成正電荷和負電荷時，我們稱這樣的分子為極性分子。極性分子在空間上有電荷分佈的不對稱性，產生正極性和負極性的區域。這種不均勻的電荷分佈導致分子間產生電荷間的吸引，這種吸引稱為極性相互作用，例如氫鍵。舉例來說，水（H₂O）是一個極性分子。在水分子中，氧原子吸引電子的能力比氫原子更強，因此氧原子部分帶負電荷，而氫原子部分帶正電荷。這造成了水分子的一側較為負極性，另一側則較為正極性。這種極性使得水分子能夠形成氫鍵。
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